В центре повествования шоу стоит доктор по фамилии Хаус – талантливейший невролог и специалист по инфекционным заболеваниям. Главное, что отличает сериал Доктор Хаус от множества других медицинских драм – это, пожалуй, образ главного героя. Доктор Хаус циничен, недоверчив и, на первый взгляд, лишен чувства сострадания. Но на самом деле все совсем не так. Доктор Хаус гораздо лучше, чем кажется сначала. Просто его постоянно мучают боли в ноге, что заметно повлияло на его отношения с пациентами, да и по натуре он человек недоверчивый. Его главное кредо: «Лгут все». Это совершенно не означает, что лично доктор Хаус – бесчувственный подонок.

Большинство эпизодов начинается вне стен Принстон-Плейнсборо (англ. Princeton-Plainsboro), клинической больницы, где работает Хаус. В начале эпизода, как правило, показаны события, которые предшествуют проявлению симптомов у пациента. На протяжении эпизода команда врачей пытается определить болезнь, вызывающую эти симптомы. Команда приходит к диагнозу, используя метод дифференциальной диагностики, при этом Хаус руководит обсуждением диагноза.

Часто болезнь невозможно сразу определить, потому что пациент солгал о симптомах и обстоятельствах, приведших к неизвестной болезни (например, любовном романе на стороне, о работе, вызвавшей болезнь, и т. д.), хотя пациент, как правило, не осознает важности утаённой информации. В связи с этим Хаус часто говорит «все лгут» или «пациент лжёт» в процессе обсуждения.

Нежелание Хауса выполнять обязательства по работе в клинике — частый дополнительный сюжет сериала. В клинике Хаус работает с пациентами в своей обычной эксцентричной и остроумной манере, часто предлагая нетрадиционные методы лечения и удивляя пациентов быстрыми и точными диагнозами после того, как он, казалось, практически не обращал на них внимания. Пациенты из клиники часто становятся мишенями фирменной иронии и остроумия Хауса.

Кроме интересных медицинских случаев (которые в зависимости от конкретного случая имеют более или менее реальную медицинскую подоплёку), в сериале раскрываются отношения Хауса со своими коллегами и друзьями. Со своей своеобразной жизненной философией и противоречивым обаянием, он любит испытывать людей и наблюдать за ними. Но люди, в свою очередь, тоже влияют на характер Хауса; и как они, так и он, хотя и противопоставляет себя окружающим, открывает при этом взаимодействии что-то новое для себя.